В июне 1941 приграничная Молдавия одной из первых союзных республик приняла на себя военный удар Третьего Рейха. Началась Великая Отечественная война. Вместе с немецкими войсками наступали их союзники — румыны. Фактическим руководителем Королевской Румынии являлся генерал Ион Антонеску, объявивший себя кондукэтором по аналогии с немецким фюрером. По соглашению с Третьим Рейхом румынской администрации были переданы земли от Прута до Южного Буга — территории Советской Молдавии и Украины.
В лагерях люди умирали от тифа, голода и холода. На территории, бывшей под румынским управлением, погибло 300 тысяч евреев и 12 тысяч ромов. 20 августа 1944-ого года началась операция по освобождению Молдавии. Перед Красной Армией стояла задача предупредить отход нацистов к Фокшанским воротам. Узкий горный перешеек мог обеспечить румынам и немцам долгую оборону Румынии, месторождения нефти которой давали Германии до 40% горючего. Ясско-кишиневская операция признана одной из самых крупных и успешных за все время Великой Отечественной войны.
Советские войска двух фронтов потеряли 12 800 человек. Это один процент численности войск, участвовавших в операции. Потери противника составили 500 тысяч. В разгар наступления, 23 августа 1944 года, румынский король Михай Первый сместил маршала Иона Антонеску и начал переговоры с Советским Союзом. В отместку днем позже германская авиация подвергла бомбардировке Бухарест. Войну румыны завершили на стороне Красной Армии. Ущерб Молдавии за годы оккупации были оценен в 11 миллиардов рублей. Сотни тысяч убитых мирных жителей, 49 тысяч человек угнаны в трудовые лагеря, разрушены 1 037 промышленных предприятий, 45% жилого фонда, 613 школ.