Османская империя постоянно покушалась на свободу молдаван и их территории. На юге — в Буджаке — появились райи — территории с турецким управлением. Ими стали крепости Бендеры, Четатя Албэ, нынешний Белгород-Днестровский, и Килия. Восстание против турок поднял, как ни странно, ставленник Порты господарь Иоан Водэ Лютый. Он отказался платить увеличившийся вдвое налог — харач. Воевода собрал «большое войско» Молдовы, его поддержали казаки. Им противостояли турки, валахи и татары. Силы были не равные. Восстание было подавлено. Молдавский князь казнен.
Еще одну попытку свергнуть турецкую власть предпринял валашский воевода Михай Храбрый. Противостояние Порте он видел в объединении княжеств: Молдовы, Валахии и Трансильвании. В 1600-ом году после завоевания Трансильвании Михай на несколько месяцев занял молдавский трон. Валах не нашел поддержки среди местных бояр. К тому же против него объединились Порта, Польша и Австрия. Очередное антитурецкое восстание потерпело поражение.
В 16 веке в Европе новое соотношение сил. К 1533 году Венгрия прекратила существование б, будучи разделенной Портой и Австрией. В 1569 году Польша объединяется с Литвой, создав Речь Посполитую, которая будет существовать вплоть до 1795 года. Мощь набирала Османская империя.
Молдавские бояре делились на партии, в зависимости от своих симпатий. Были польская партия, венгерская, турецкая. Жертвами одного из таких заговоров стала династия Мушатинов — наследников Богдана Первого.
В конце 16-ого века усилилось влияние польской партии, которая выдвинула на молдавский трон новую династию Мовил — Могил, состоявших одновременно в родстве с молдавскими Мушатами и польскими Потоцкими. Мовилы пробыли у власти сорок лет и были свергнуты в ходе очередного заговора. К этой династии принадлежит сын молдавского господаря Петру Мовилэ, ставший митрополитом Киевским, Могилевским и Всея Руси.